Il tema della fatturazione elettronica nel settore sanitario torna sotto i riflettori con l’entrata in vigore del D.Lgs. 81/2025, che sancisce definitivamente il divieto di utilizzo del Sistema di Interscambio (SdI) per l’invio delle fatture elettroniche relative alle prestazioni sanitarie rese ai consumatori finali.
Una norma che, dopo anni di proroghe, entra a regime e diventa parte strutturale dell’ordinamento tributario.
Fatturazione elettronica prestazioni sanitarie: come nasce il divieto e come si evolve
Tutto comincia con l’articolo 10-bis del D.L. 119/2018, convertito con modificazioni dalla Legge 136/2018. Questa norma, al comma 1, stabiliva che, in via transitoria, per i soggetti obbligati alla trasmissione dei dati al Sistema Tessera Sanitaria (STS), non fosse consentito l’invio delle fatture elettroniche tramite SdI per le prestazioni sanitarie rivolte a privati.
La ratio era (ed è tuttora) chiara: evitare che informazioni altamente sensibili e personali, come quelle relative a trattamenti sanitari, circolassero attraverso canali non sufficientemente protetti, mettendo a rischio la privacy dei pazienti.
Negli anni successivi, il divieto è stato prorogato più volte. L’ultima estensione, a copertura dell’anno 2025, è arrivata con il Decreto Milleproroghe (D.L. 202/2024, art. 3, co. 6).
Il punto di svolta: il D.Lgs. 81/2025
Con l’approvazione del Decreto Legislativo 81/2025, il legislatore ha deciso di rendere permanente il divieto, ponendo fine alla logica delle proroghe annuali.
Nella Relazione illustrativa al decreto, si legge che la scelta deriva dalla volontà di evitare oneri sproporzionati a carico degli operatori sanitari e della stessa Amministrazione finanziaria. Implementare un nuovo sistema digitale separato dal SdI, ma idoneo a garantire la tutela rafforzata dei dati personali, comporterebbe infatti investimenti ingenti e complessità tecniche non giustificate, anche alla luce delle alternative già disponibili (come la fatturazione extra-SdI).
Come si fattura (e cosa non si deve più fare)
Con la nuova disciplina non cambiano le modalità operative già adottate dai soggetti sanitari negli ultimi anni:
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Non si possono emettere fatture elettroniche tramite SdI per prestazioni sanitarie verso persone fisiche;
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È invece consentito emettere fattura cartacea, oppure utilizzare una fattura elettronica in formato XML non trasmessa tramite SdI, ad esempio inviandola direttamente al paziente o conservandola digitalmente secondo le regole di legge.
L’Agenzia delle Entrate aveva già chiarito questo punto in due interventi fondamentali:
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la Circolare n. 14/E/2019, che sottolineava la necessità di evitare duplicazioni nei flussi informativi tra SdI e STS;
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la Risposta n. 78/E/2019, che ribadiva l’esclusione delle fatture sanitarie emesse verso i privati dal circuito SdI.
Riflessioni operative per studi, cliniche e professionisti
Questa scelta legislativa, che potremmo definire di “conservazione funzionale”, risponde all’esigenza di semplificare la gestione fiscale dei soggetti sanitari senza sacrificare la tutela della privacy.
Per studi medici, psicologi, dentisti, fisioterapisti e tutte le strutture che operano nel campo delle cure rivolte a persone fisiche, si tratta di una conferma delle prassi già adottate, che consente di:
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mantenere strumenti digitali per la gestione e la conservazione delle fatture;
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evitare la necessità di adattare sistemi informatici al canale SdI;
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concentrarsi sull’invio dei dati al Sistema TS, vero perno delle dichiarazioni precompilate dei pazienti.
E la digitalizzazione?
Resta legittimo chiedersi se questa norma rappresenti un freno al processo di digitalizzazione fiscale. La risposta è: dipende da come la si guarda.
Se da un lato si evita l’obbligo di fatturazione elettronica tramite SdI, dall’altro si lascia spazio a soluzioni digitali “su misura” per il comparto sanitario. Molti operatori, infatti, già utilizzano software che generano fatture elettroniche in formato XML, le archiviano digitalmente e le inviano al paziente via PEC o email, rispettando comunque i principi di dematerializzazione e conservazione digitale.
Quello che si evita è semplicemente il passaggio dallo SdI, che è pensato per la fiscalità ordinaria, non per gestire dati sanitari sensibili.
Fatturazione elettronica prestazioni sanitarie: in conclusione
Il divieto di fatturazione elettronica tramite Sistema di Interscambio per le prestazioni sanitarie rese a privati è ora definitivo.
Una decisione coerente con le esigenze di riservatezza del settore, che chiarisce il quadro per operatori e contribuenti e stabilizza le prassi già in uso.
Insomma, nessun obbligo, nessuna novità epocale, ma una certezza in più per chi lavora nella sanità: le regole sono stabili e i flussi digitali si possono continuare a gestire in sicurezza, purché fuori dallo SdI.
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